Ciao Giulio,
a naso, mi verrebbe da dire: istanzi il container allo startUp del servizio, e limiti il lifecycle dei componenti alla durata del job stesso. Come fare questa cosa dipende dal container IoC che utilizzi, con Ninject ad esempio puoi avviare un ActivationBlock() prima di istanziare il Job, e chiuderlo al termine dell'esecuzione del job stesso per rilasciare tutti gli oggetti creati nel frattempo...
Ciao,neronotte